El Real Conservatorio participa, a través de convenio, en dos programas de doctorado. Con la Universidad Politécnica de Madrid el programa: Música y su Ciencia y Tecnología; con la Universidad Complutense de Madrid, el programa, dentro del doctorado en Musicología,  participa en tesis doctorales sobre Interpretación Artística.

El profesorado del Real Conservatorio participa en estos programas formando parte de las Comisiones de doctorado correspondiente y dirigiendo tesis doctorales a doctorandos en los ámbitos indicados.

Es importante destacar que el Real Conservatorio, además de contar con profesorado con una trayectoria artística nacional e internacional muy importante, tiene en su Claustro numerosos catedráticos doctores, algunos de los cuales ya están dirigiendo tesis doctorales en estos programas.

Todos los estudiantes interesados en realizar estudios de doctorado después de haber cursado un máster en enseñanzas artísticas en estos programas de doctorado deben dirigirse a la universidad correspondiente donde se realizan todos los trámites administrativos.